Die Domäne geht auf eine Gerichtsstätte eines schon in der Zeit der Merowinger bestehenden Königssondergaues zurück.
Der Sondergau hatte seinen Ursprung im ausgehenden Römischen Reich als Siedlungsgebiet für germanische Stämme jenseits von Rhein und Main. Zur Zeit der Karolinger entwickelte sich am heutigen Domänenstandort die Reichsgerichtsstätte, an der Todesurteile gefällt und im Namen des Kaisers auch vollstreckt wurden.

Der Königssondergau wurde von zwei Siedlungsstätten verwaltet: der Burg Dreieichenhain, dort war der Verwaltungssitz der kaiserlichen Forstverwaltung, und der Domäne Mechtildshausen, die als Standort der Ackerwirtschaft dieses Sondergaues diente. Sie war ein Versorgungsgut der Kaiser und Könige.

Die Domäne lag unmittelbar an dem bedeutenden westöstlichen Verkehrsweg des Mittelalters, der "via regia" (Königsstraße). Sie war ein Teil der Verbindung, die den Westen Europas über Mainz und Frankfurt mit dem Osten bis nach Sachsen und weiter verknüpfte. Die Straße trug schon damals den Namen, den sie auch heute noch in der Gemarkung Wiesbadens trägt - "Steinern Straße".

Urkundlich wird die Domäne erstmals im 12. Jahrhundert erwähnt. Sie erlebte eine wechselvolle Geschichte zwischen dem Erzbistum Mainz, der Herrschaft von Eppstein und den Fürstentümern Nassau und Hessen-Darmstadt. Nach 1945 kam sie mit der Gründung Hessens in den Besitz des Landes als demokratischem Rechtsnachfolger der feudalen Ordnung.

Im Jahr 1987 pachteten wir die Domäne Mechtildshausen vom Land Hessen.